Następstwem zlokalizowania lecznicy wojskowej było umieszczenie w jej pobliżu cmentarza. Pierwszego pochówku dokonano w 1849 r. Do wybuchu I wojny światowej, na wojskowej nekropolii spoczęło około 1.500 żołnierzy różnych narodowości wchodzących w skład wieloetnicznej monarchii Habsburgów. W latach 1914-1918 stał się on miejscem spoczynku co najmniej 1.200 os., które zmarły w wadowickich szpitalach wojennych od odniesionych ran, a przede wszystkim z powodu chorób epidemicznych. W 1915 r. cmentarz ten włączono do systemu grobownictwa wojennego Austro-Węgier (Cmentarz Wojenny nr 473). Równocześnie kwaterze żołnierzy żydowskich pochowanych na pobliskim kirkucie przydzielono numer 474B. Cmentarz nr 473 w czasie wojny rozszerzono, gdyż nie mógł pomieścić wszystkich zmarłych. Po zakończeniu Wielkiej Wojny, ze względu na funkcjonowanie w mieście obozu jenieckiego, był on nadal wykorzystywany. W latach 1918-1921, w czasie wojen o granice II Rzeczypospolitej, pogrzebano tutaj ponad 2.100 żołnierzy. Obok Polaków spoczęli m.in. żołnierze bolszewiccy (w tym również Białorusini i Ukraińcy), Litwini oraz Ukraińcy. W latach 30. XX w. ekshumowano część ciał dokonując pochówku w zbiorowych mogiłach zmniejszając powierzchnię nekropolii. Po II wojnie światowej dokonano ekshumacji żołnierzy sowieckich (1.399 os.) z prowizorycznych cmentarzy wojennych w kilku miejscowościach ówczesnego powiatu wadowickiego i przeniesiono ich na cmentarz wojskowy w Wadowicach. W zbiorowych mogiłach pogrzebano także żołnierzy niemieckich poległych w Tomicach i Wadowicach w styczniu 1945 r.
