W okresie galicyjskim częścią wadowickiej społeczności byli Żydzi. Większość z nich zajmowała się handlem i rzemiosłem. W 1880 r. stanowili oni ponad 8% ogółu populacji miasta (404 os.), a w przeddzień wybuchu II wojny światowej ok. 20% (2 tys.). Wraz ze wzrostem społeczności żydowskiej w Wadowicach, gmina żydowska wzniosła murowaną bożnicę w stylu nowoczesnych synagog zachodnich (1885-1889, ul. Gimnazjalna, projekt Karol Korn). W 1892 r. w sąsiedztwie cmentarza wojskowego założono cmentarz żydowski. Starania o jego lokalizację Gmina Żydowska rozpoczęła już w 1876 r. Ostatecznie zakupiono działki tuż za nekropolią żołnierską. Przy bramie wejściowej na cmentarz znajdował się dom przedpogrzebowy „Beit Tahara” (dom oczyszczenia). Naprzeciwko był dom dozorcy. Kwestiami pochówku zajmowało się wadowickie bractwo religijne Chewra Kadisza. Na terenie kirkutu poza mieszkańcami Wadowic i okolicznych wsi, pochowano także żołnierzy wyznania mojżeszowego pełniących służbę w miejscowym garnizonie lub zmarłych w tutejszych szpitalach. W latach Wielkiej Wojny spoczęło tu 42 żołnierzy w większości służących w austriackich pułkach oraz w formacjach węgierskiej Obrony Krajowej, a w latach 1919-1920 kolejne 11 osób w większości z armii bolszewickiej.
Cmentarz przetrwał w niemal nienaruszonym stanie okres okupacji niemieckiej. Po 1945 r. kirkut został odrestaurowany dzięki krakowskiej gminie wyznaniowej. Obecnie jest on pod zarządem Gminy Wyznaniowej Żydowskiej w Bielsku-Białej. Ostatni pochówek miał miejsce w 1990 r. Wśród spoczywających na wadowickim kirkucie warto wymienić Barucha Thieberga (zm. 1902 r.) oraz Henryka Tauba (1898-1919). Baruch Thieberg był powstańcem styczniowym i pierwszym Żydem, który zamieszkał w Wadowicach uciekając z Królestwa Polskiego. Po tym wydarzeniu rozpoczął się gwałtowny napływ ludności żydowskiej do miasta. Henryk Taub był synem Samuela Tauba. Po odzyskaniu przez Polskę niepodległości związał się z wadowickim 12 pułkiem piechoty. Jako dowódca kompani brał udział w wojnie polsko-czechosłowackiej o Śląsk Cieszyński i Zaolzie, gdzie został raniony bagnetem w pierś (1919 r.). Pochowano go na żydowskim cmentarzu w Orłowej, a w 1939 r. jego szczątki sprowadzono do Wadowic.