W 1891 r. Karmelici Bosi z klasztoru w Czernej koło Krzeszowic rozpoczęli poszukiwanie miejsca dla nowej fundacji. Najważniejszym kryterium przy wyborze lokalizacji była obecność gimnazjum w mieście. W 1892 r. w Rzymie zgłoszona została kandydatura Wadowic i już 1 sierpnia osiedlili się w mieście pierwsi zakonnicy. Początkowo wynajęli dom drukarza – Franciszka Foltyna, który znajdował się przy Gościńcu Zatorskim (dziś ul. Wojska Polskiego). Karmelici zakupili grunty pod budowę świątyni i zabudowań klasztornych na tzw. Górce. Roztaczał się z niej widok na całe galicyjskie miasto z dominującym kościołem farnym, koszarami 56 pułku piechoty, szpitalem wojskowym, synagogą oraz nowo wybudowanym gmachem sądu i przyległym do niego więzieniem. W 1898 r. poświęcono i wmurowano kamień węgielny. Autorem projektu architektonicznego był pochodzący z Wiednia Richard Jordan, a pracami na miejscu kierował inż. Adam Kozłowski. Rok później uroczystej konsekracji kościoła klasztornego dokonał ówczesny biskup krakowski Jan Kniaź Puzyna. Jego wizyta w mieście była wielkim wydarzeniem dla ówczesnych mieszkańców Wadowic. Jednym z inicjatorów budowy wadowickiego karmelu był o. Józef Rybka (1854-1919) związany z klasztorem w Czernej. Najprawdopodobniej za jego wstawiennictwem wybrano Wadowice na siedzibę nowego klasztoru. W 1914 r. wygłosił w Wadowicach gorące, patriotyczne przemówienie do kilkuset członków Towarzystwa Gimnastycznego „Sokół”, którzy wyruszyli do Bochni, aby przyłączyć się do Legionów Polskich. Funkcję przeora wadowickiego karmelu pełnił również św. Rafał Kalinowski (1835-1907). Z urodzenia wilnianin, absolwent Mikołajewskiej Akademii Inżynierów Wojskowych w Petersburgu. Dopiero w 42 roku życia wstąpił do zakonu Karmelitów Bosych i stał się jego późniejszym reformatorem. Zmarł w wadowickim klasztorze w wieku 82 lat. W 1983 r. papież Jan Paweł II uczynił go błogosławionym, a w 1991 r. świętym.
