Początkowo miejsce pochówku znajdowało się w najbliższym sąsiedztwie kościoła, czyli w ścisłym centrum miasta, stanowiąc epidemiologiczne zagrożenie dla mieszkańców. W roku 1784 cesarz Józef II wydał dekret zobowiązujący do lokowania cmentarzy poza obrębem osad, okalanie ich murami i możliwość wznoszenia zabudowań mieszkalnych nie bliżej niż 5 sążni (około 10 metrów) od miejsc pochówku. Przykościelna nekropolia została przeniesiona na nowe miejsce przy ul. Tatrzańskiej (wcześniej Nowotarskiej), nazywanej w związku z tym "ulicą cmentarną", najprawdopodobniej w roku 1819 – po ustanowieniu w mieście siedziby cyrkułu. Jednym z pierwszych pochowanych na cmentarzu był gospodarz parafii, budowniczy murowanego kościoła, Jan Kanty Krassowski, pochowany w listopadzie 1822 roku. W kolejnych latach trwała rozbudowa nekropolii, m.in. w okresie probostwa ks. Aleksego Bocheńskiego (1849-1893). Dzisiaj cmentarz obejmuje teren między ulicą Matki Bożej Fatimskiej a Aleją Wolności (nazywaną niegdyś zwyczajowo "ulicą nad cmentarzem") o powierzchni około 3 hektarów.
Najbardziej charakterystycznym miejscem na cmentarzu parafialnym, na który wchodzi się przez klasycystyczną bramę, jest centralnie położona kaplica rodziny Słapów, wzniesiona w 1862 roku a po II wojnie światowej przekazana parafii. Kaplica jest miejscem pochówku członków rodziny Słapów oraz wadowickich kapłanów: ks. kanonika Tadeusza Włodygi (zm. 1963), ks. prałata Leonarda Prochownika (zm. 1963) i ks. Infułata Edwarda Zachera (zm. 1987). Na cmentarzu znajdują się m.in. wydzielona kwatera dla OO. Karmelitów Bosych, mauzoleum SS. Nazaretanek oraz kwatera żołnierska. Do najokazalszych grobowców należą m.in. groby rodzin Homme'ów, Romaszkanów i Stankiewiczów. Część nagrobków jest dziełem wadowickich artystów-rzeźbiarzy: Franciszka Suknarowskiego, Józefa Jury i Wincentego Bałysa (grób Homme'ów).
Znane postacie pochowane na wadowickim cmentarzu parafialnym:
- Seweryn Artz (1842-1907), profesor i dyrektor gimnazjum,
- Juliusz Bijak (1860-1943), dowódca kadry zapasowej ck 56 Pułku Piechoty, generał dywizji WP,
- Ignacy Brosig (1816-1889), burmistrz Wadowic,
- Jan Tytus Dihm (1902-1965), doktor filozofii, historyk, docent PAN,
- Karol Trzaska-Durski (1849-1935), generał broni WP,
- Jan Dworak (1858-1931), burmistrz Wadowic,
- Foltynowie (Foltinowie), rodzina wadowickich drukarzy, właścicieli oficyny wydawniczej i księgarni,
- Kazimierz Foryś (1906-1982), profesor gimnazjalny, dyrektor liceów w Andrychowie i Wadowicach,
- Mieczysław Władysław Gedl (1852-1901), lekarz, działacz Towarzystwa Gimnastycznego "Sokół",
- Jan Iwański (1849-1907), burmistrz Wadowic,
- Stefan Kotlarczyk (1874-1931), twórca Towarzystwa im. W. Jagiełły ("Jagiellonki"),
- Józef Loserth (ok. 1793-1878), starosta obwodu wadowickiego,
- Franciszek Opydo (1856-1923), poseł do Rady Państwa w Wiedniu, burmistrz i honorowy obywatel Wadowic,
- Czesław Antoni Panczakiewicz (1901-1958), profesor gimnazjalny, działacz sportowy i turystyczny,
- Józef Raczyński (ok. 1816-1881), kupiec, właściciel Zawadki, burmistrz Wadowic,
- Feliks Romaszkan (1857-1932), przemysłowiec, właściciel wadowickiej papierni,
- Jędrzej Wowro (1864-1937), świątkarz ludowy,
- Tytus Zegadłowicz (182-1899), profesor gimnazjalny, ojciec Emila Zegadłowicza.
