V dôsledku nárastu počtu židovského obyvateľstva vo Wadowiciach postavila židovská komunita murovanú synagógu (1885-1889) podľa projektu K. Korna. Dnes už po svätyni niet ani stopy. Na jeseň 1939 bola Nemcami vypálená a potom vyhodená do vzduchu. Karol vyrastal v atmosfére dvoch kultúr a náboženstiev. Medzi jeho spolužiakmi boli aj Židia a jeden z nich, Jerzy Kluger, bol jedným z jeho blízkych priateľov. V roku 1936 Jerzyho otec pozval Karola do synagógy na špeciálny koncert. Bolo to s najväčšou pravdepodobnosťou prvýkrát, keď budúci pápež vstúpil do chrámu ľudí iného vyznania. V roku 1989, na výročie likvidácie geta vo Wadowiciach (1943), bola na budovu materskej školy stojacej na mieste synagógy umiestnená tabuľa pripomínajúca Židov, ktorých počas vojny zavraždili Nemci.
