Im Jahr 1891 begannen die Unbeschuhten Karmeliten aus dem Kloster in Czerna bei Krzeszowice mit der Suche nach einem Standort für eine Neugründung. Das wichtigste Kriterium für die Wahl des Standortes war die Anwesenheit eines Gymnasiums in der Stadt. 1892 wurde die Kandidatur von Wadowice in Rom eingereicht, und bereits am 1. August zogen die ersten Mönche in die Stadt ein. Zunächst mieteten sie das Haus des Druckers Franciszek Foltyn, das sich im Zator-Landstraße (der heutigen Wojska-Polskiego-Straße) befand. Die Karmeliter kauften ein Grundstück auf dem sogenannten Hügel („Na Górce“), um einen Tempel und Klostergebäude zu errichten. Dieser bot einen Blick auf die gesamte galizische Stadt mit der dominierenden Pfarrkirche, der Kaserne des 56. Infanterieregiments, dem Militärkrankenhaus, der Synagoge und dem neu errichteten Gerichtsgebäude mit angrenzendem Gefängnis. Der Grundstein wurde 1898 eingeweiht und gelegt. Autor des architektonischen Entwurfs war der aus Wien stammende R. Jordan, die Arbeiten auf der Baustelle leitete der Ingenieur A. Kozłowski. Ein Jahr später fand die feierliche Einweihung der Klosterkirche durch den damaligen Bischof von Krakau, Jan Kniaź Puzyna, statt. Sein Besuch in der Stadt war für die damaligen Einwohner von Wadowice ein großes Ereignis.
Einer der Urheber des Baus des Karmels in Wadowice war Pater Józef Rybka (1854-1919), der mit dem Kloster Czerna verbunden war. Höchstwahrscheinlich war es ihm zu verdanken, dass Wadowice als Sitz des neuen Klosters ausgewählt wurde. Im Jahr 1914 hielt er in Wadowice eine leidenschaftliche, patriotische Rede vor mehreren hundert Mitgliedern des Turnvereins „Sokół“, die nach Bochnia aufbrachen, um sich den Polnischen Legionen anzuschließen.
Das Amt des Priors des Karmels von Wadowice übernahm der heilige Rafał Kalinowski (1835-1907). Er stammte aus Vilnius und absolvierte die Zar-Nikolai-Akademie für Militäringenieure in St. Petersburg. Erst im Alter von 42 Jahren trat er in den Orden der Unbeschuhten Karmeliten ein und wurde der spätere Reformer des Ordens. Er starb im Kloster Wadowice im Alter von 82 Jahren. Papst Johannes Paul II. sprach ihn 1983 selig und 1991 heilig.