In der galizischen Zeit waren Juden Teil der Gemeinde von Wadowice. Die meisten von ihnen waren in Handel und Handwerk tätig. Im Jahr 1880 machten sie mehr als 8 % der Gesamtbevölkerung der Stadt aus (404 Personen), am Vorabend des Zweiten Weltkriegs etwa 20 % (2000 Personen).
1892 wurde in der Nähe des Soldatenfriedhofs ein jüdischer Friedhof eingerichtet. Die Jüdische Gemeinde bemühte sich bereits seit 1876 um die Anlage eines solchen Friedhofs und erwarb schließlich Grundstücke direkt hinter der Nekropole der Soldaten. Am Eingangstor des Friedhofs befand sich das vor der Bestattung errichtete Haus „Beit Tahara“ (Haus der Reinigung). Gegenüber befand sich das Haus des Friedhofswärters. Für die Bestattungsangelegenheiten war die religiöse Bruderschaft Chewra Kadischa aus Wadowice zuständig.
Neben den Einwohnern von Wadowice und den umliegenden Dörfern wurden auch Soldaten jüdischen Glaubens, die in der örtlichen Garnison dienten oder in den örtlichen Krankenhäusern starben, auf dem Friedhof beerdigt. In den Jahren des Ersten Weltkriegs wurden hier 42 Soldaten begraben, von denen die meisten in österreichischen Regimentern und in den Formationen der ungarischen Heimatverteidigung dienten, und in den Jahren 1919-1920 elf Personen – vor allem aus der bolschewistischen Armee.
Der Friedhof überstand die deutsche Besetzungszeit fast unversehrt. Nach 1945 wurde er durch die Krakauer Religionsgemeinschaft restauriert. Derzeit wird er von der Jüdischen Kultusgemeinde in Bielsko-Biała verwaltet. Die letzte Beerdigung fand im Jahr 1990 statt.
Unter den auf dem jüdischen Friedhof von Wadowice bestatteten Personen sind Baruch Thieberg (gestorben 1902) und Henryk Taub (1898-1919) zu nennen. Baruch Thieberg war ein Aufständischer des Januaraufstandes und der erste Jude, der sich in Wadowice nach der Flucht aus Königreich Polen niederließ. Diesem Ereignis folgte ein rascher Zustrom von Juden in die Stadt. Henryk Taub war Sohn von Samuel Taub. Nach der Wiedererlangung der Unabhängigkeit Polens trat er dem 12. Infanterieregiment von Wadowice bei. Als Kompaniechef nahm er am polnisch-tschechoslowakischen Krieg um Teschener-Schlesien und Olsagebiet teil, wo er 1919 mit einem Bajonett in der Brust verwundet wurde. Er wurde auf dem jüdischen Friedhof in Orłowa beigesetzt, und 1939 wurden seine sterblichen Überreste nach Wadowice gebracht.