En 1891, los Carmelitas Descalzos del monasterio en Czerna, cerca de Alwernia, comenzaron la búsqueda de un lugar para una nueva fundación. El criterio más importante al elegir la ubicación era la presencia de una escuela secundaria en la ciudad. En 1892, la candidatura de Wadowice fue presentada en Roma y el 1 de agosto los primeros monjes se establecieron en la ciudad. Inicialmente, alquilaron la casa del impresor Franciszek Foltyn, que estaba ubicada cerca de la posada Zatorska (hoy en día, calle Wojska Polskiego). Los Carmelitas compraron terrenos para la construcción del templo y edificios monásticos en la llamada “Górka” (“en la colina”). Desde allí se tenía una vista de toda la ciudad gallega con la iglesia parroquial dominante, los cuarteles del 56º regimiento de infantería, el hospital militar, la sinagoga y el edificio recién construido del tribunal y la prisión adyacente. En 1898, se consagró e inauguró la piedra base. El autor del proyecto arquitectónico fue R. Jordan, originario de Viena, mientras que la supervisión en el lugar estuvo a cargo del ingeniero A. Kozłowski. Un año después, la ceremonia de consagración de la iglesia del monasterio fue realizada por el entonces obispo de Cracovia, Jan Kniaź Puzyna. Su visita a la ciudad fue un gran acontecimiento para los habitantes de Wadowice de la época.
Uno de los iniciadores de la construcción del Carmelo de Wadowice fue el padre Józef Rybka (1854-1919), vinculado al monasterio de Czerna. Probablemente, gracias a su intercesión, se eligió a Wadowice como sede del nuevo monasterio. En 1914, pronunció un apasionado discurso patriótico en Wadowice ante varios cientos de miembros de la Sociedad Gimnástica "Sokół", quienes partieron hacia Bochnia para unirse a las Legiones Polacas.
La función de prior del Carmelo de Wadowice la desempeñó San Rafał Kalinowski (1835-1907). Originario de Vilna, graduado de la Academia Militar Nicolai en San Petersburgo. No fue hasta los 42 años cuando ingresó en la Orden de los Carmelitas Descalzos y se convirtió en su reformador posterior. Murió en el monasterio de Wadowice a la edad de 82 años. En 1983, el Papa Juan Pablo II lo beatificó, y en 1991, lo canonizó.