En 1891, les Carmes déchaux du monastère de Czerna, près de Krzeszowice, ont commencé à chercher un site pour une nouvelle fondation. Le critère le plus important dans le choix de l’emplacement était la présence d’un collège dans la ville. En 1892, la candidature de Wadowice a été soumise à Rome et, dès le 1er août, les premiers moines se sont installés dans la ville. Au départ, ils ont loué la maison d’un imprimeur, Franciszek Foltyn, qui se trouvait dans la route de Zator (aujourd’hui située rue Wojska Polskiego). Les carmes ont acheté le terrain pour construire l’église et les bâtiments du monastère sur le site dit de « la Colline » (« na Górce»). Il offrait une vue sur l’ensemble de la ville galicienne avec l’église paroissiale qui dominait le paysage, les casernes du 56e régiment d’infanterie, l’hôpital militaire, la synagogue et le palais de justice nouvellement construit et la prison attenante. En 1898, la première pierre a été consacrée et posée. La conception architecturale a été réalisée par R. Jordan de Vienne, tandis que les travaux sur site ont été dirigés par l’ingénieur A. Kozłowski. Un an plus tard, la cérémonie de consécration de l’église du monastère a été effectuée par l’évêque de Cracovie de l’époque, Jan Kniaź Puzyna. Sa visite dans la ville a été un grand événement pour les habitants de Wadowice à l’époque.
L’un des initiateurs de la construction du carmel de Wadowice fut le père Józef Rybka (1854-1919), associé au monastère de Czerna. C’est très probablement par son intercession que Wadowice a été choisi comme siège du nouveau monastère. En 1914, il prononce à Wadowice un discours patriotique et fervent devant plusieurs centaines de membres de la Société de Gymnastique « Sokół », partis à Bochnia pour rejoindre les Légions Polonaises.
La fonction de Prieur du carmel de Wadowice a été exercée par St. Rafał Kalinowski (1835-1907). Né à Vilnius, il est diplômé de l’Académie du génie militaire de Nikolaev à Saint-Pétersbourg. Ce n’est qu’à l’âge de 42 ans qu’il a rejoint l’Ordre des Carmes déchaux et qu’il en est devenu le dernier réformateur. Il est mort au monastère de Wadowice à l’âge de 82 ans. Le pape Jean-Paul II l’a fait bienheureux en 1983 et saint en 1991.